A regra de pareamento de bases proposta por Watson e Crick é significante por que:

(i) explica a regra de Chargaff. Pelo fato de que A deve obrigatoriamente parear com T, a quantidade destas duas bases nitrogenadas em uma dada molécula de DNA será sempre a mesma. De forma similar, a quantidade de G será igual a quantidade de C.
(ii) sugere um mecanismo geral para a replicação do DNA. Se as bases formam pares específicos, a informação contida em uma fita é complementar a outra.
(iii) dita a combinação de pares de bases, mas não coloca restrição na seqüência linear de nucleotídeos ao longo da fita de DNA. A seqüência de bases pode ser altamente variável, o que a torna adequada para codificar a informação genética.
(iv) Embora as pontes de hidrogênio entre os pares de bases são ligações fracas, coletivamente elas estabilizam a molécula de DNA. As forças de Van der Waals entre o empilhamento de base também ajudam a estabilizar a dupla fita de DNA.